행주 성당은 1899년경 약현 본당 관할로 설립된 행주 공소에 그 뿌리를 두고 있습니다. 1900년대 초만 해도 행주 포구는 한강을 통한 수로 교통의 요지였기 때문에 거주 인구가 많았습니다. 그래서 신자수의 증가로 1909년 본당으로 승격되었습니다. 초대 김원영 신부는 1910년 8월에 성당 봉헌식을 거행하고, 1922년 성당을 증축하면서 사제관도 신축하였습니다.

일제 말기 교회에 대한 탄압이 극심하던 1942년 한때 공소로 격하되었다가 광복 후인 1948년 본당으로 부활되었습니다. 하지만 도시화로 신자수가 감소하자 1957년 수색동으로 성당을 이전하고 본당 이름을 ‘수색동 본당’으로 바꾸면서 행주 본당은 재차 공소가 되었습니다. 그 후 1982년 설립된 능곡 본당 공소로 있다가 2004년 의정부교구 설립과 함께 그 해 11월 18일 다시 본당으로 승격되었습니다.

행주 성당은 2009년 5월 31일 ‘본당 승격 100주년 기념미사’와 ‘100주년 역사 기념관’ 기공식을 가졌습니다. 3년여의 공사를 통해 100주년 역사 기념관은 본당의 역사를 느끼며 쉬어갈 수 있는 소규모 피정의 집과 교구사제 숙소 등으로 사용하고 있습니다. 1910년 소박한 한옥 형태로 지어진 행주 성당은 1928년 인근의 현 위치로 옮겨 지으면서 기존의 자재를 대부분 재활용했고, 1949년 증축하면서 기록한 자료 등이 잘 보존되어 있으며, 특히 건물의 뼈대를 구성하는 목조가구의 경우 최초 건립 부분과 증축 부분이 잘 남아 있는 대표적 한식 목조 건축물로 평가되어 2010년 2월 19일 문화재청으로부터 근대문화유산 등록문화재 제455호로 지정되었습니다. 그러나 100여 년의 세월을 거치며 건물도 낡고 변형되어 2013년부터 복원작업을 추진해, 역사적 고증과 자문을 거쳐 100년 전의 모습을 복원해 2015년 12월 복원 감사미사를 봉헌했습니다. 그리고 2016년 1월 로마의 성모 마리아 대성전과 특별한 영적 유대를 맺고 특별 전대사 순례지로 선정되었고, 이를 기념해 그해 10월 성모당을 건립해 축복식을 가졌습니다.