현 공주 중동 본당의 전신인 공주 본당은 1897년 5월 8일 합덕 성당과 공세리 성당에서 분리되어 설립되었습니다. 설립 당시 공주읍내에는 천주교와 관련된 근거지가 전혀 없었고, 신자수도 20명 내외에 불과했습니다. 그래서 초대 주임 기낭 신부는 임시로 요골 공소에 거처하면서 관찰사가 주재하는 공주읍내 국고개 언덕 위에 현재의 부지를 매입하여 1897년 6월 28일 이전했습니다. 기낭 신부는 이곳에 교당을 세우고 교리를 전파하여 공주 지역 최초의 천주교 성당인 공주 본당의 초석을 놓았습니다.

그러나 공주 지방의 천주교 선교 역사는 이보다 훨씬 더 거슬러 올라갑니다. 1784년 이승훈이 중국 북경에서 세례를 받고 돌아온 후 복음의 씨앗은 권일신에 의해 천안사람 이존창에게 전파되었고, ‘내포의 사도’가 된 이존창은 공주 지방에서 선교활동을 하던 중 1801년 신유박해 때 황새바위에서 순교했습니다. 또한 1866년 병인박해를 거치면서 성 손자선 토마스가 순교하는 등 공주 감영에서 치명한 순교자는 이름이 밝혀진 신자만 해도 248명에 이릅니다.

현 성당 건물은 최종철 신부가 서울의 약현 성당을 모델로 직접 설계하여 1934년 공사를 시작해 1936년에 고딕식 종탑을 갖춘 라틴 십자형 새 성당과 사제관 · 수녀원 등을 완공했습니다. 이듬해 5월 12일 축성식을 가졌는데, 현재는 본당과 사제관(현 교육관)만 남아있습니다. 1982년 9월 공주교동 성당을 분리하면서 공주중동 성당으로 이름을 바꾸었고, 1997년 본당 설립 100주년과 성당 건립 60주년을 기념하여 성당 건물에 대한 대대적인 복원공사를 시행했습니다. 또한 “중동본당 100년사”를 출간하고 12월 6일에는 기념미사를 봉헌했습니다. 공주중동 성당과 사제관 건물은 1998년 7월 25일 충청남도 기념물 제142호로 등록되었습니다.