부여 지역은 일찍부터 천주교 신앙이 전파되어 1801년 신유박해를 전후해서 이미 신자들이 거주하고 있다는 기록이 있습니다. 1866년의 병인박해가 끝나고 인근 신자들이 이주해 오면서 공동체가 본격적으로 형성되었고, 박해 후 이 지역을 처음 방문한 두세 신부와 현 합덕 성당의 퀴틀리에 신부가 여러 곳에 공소를 설립했습니다. 1897년 공주 본당이 신설되면서 그 관할 공소가 되었는데, 공주로부터 거리가 멀었을 뿐만 아니라 공소나 신자수도 점차 증가하는 추세였기에 본당 신설이 요청되었습니다.

뮈텔 주교는 신부들과 신자들의 건의를 받아들여 부여 지역에 본당 신설을 결정하고 1901년 4월 공베르 쥴리앙 신부를 부여 지방으로 파견했습니다. 공베르 신부는 소양리에 부지를 매입한 후 성당 건립을 시작해 6년간의 노력 끝에 한국식과 서양식의 절충인 고딕식 성당 건물을 1906년에 완공하고, 계속하여 사제관과 사랑채를 지은 뒤 1913년 9월 뮈텔 주교의 집전으로 축성식을 가졌습니다. 금사리 성당은 보통의 다른 성당과 달리 내부 중앙에 나무 기둥을 일렬로 세워 전례공간을 둘로 나눈 이랑식(二廊食)이라는 건축사적 특징을 지니고 있습니다.

6 · 25 전쟁 중 몰리마르 주임신부가 순교하는 아픔을 겪은 금사리 성당은 점증하는 신자들을 위해 1968년 성당 옆에 새 성당을 건립했습니다. 충청남도 서남부 지역 성소의 못자리로 많은 성직자와 수도자를 배출했으나 1970년대 이후 농촌이 쇠락하면서 신자수의 감소와 노령화가 급속히 진행되었습니다. 금사리 성당은 2003년부터 대대적인 옛 성당 복원작업에 들어가 2005년 3월 공사를 마치고 이듬해 5월 복원된 성당에 대한 축복식과 옛 성당 건립 100주년 기념미사를 봉헌했습니다. 금사리 본당의 옛 성당은 부여군에 세워진 첫 고딕식 건물로 우리나라 전통 목조건물의 특징을 많이 갖고 있는 초기 성당 건물 중의 하나로 1998년 7월 충청남도 기념물 제143호로 지정되었습니다.