1930년 이계윤과 최말녀 부부가 목포에서 함평으로 이주해 오자 계량(현 노안) 본당의 박재수 신부는 이들을 위해 1931년 판공 때 함평의 기산 회관에서 첫 미사를 봉헌하였고, 이후 내교리에 사는 조 마리오 집에서 주일 미사를 가끔 봉헌했습니다. 이어 1936년경부터는 나주 본당의 헨리 신부와 김재석 신부가 번갈아 와서 미사를 봉헌하였고, 1940년경부터는 신자들이 나주 본당이나 인근 공소의 미사에 참여했습니다. 이후 함평 공소 신자들은 본당 설립을 위한 노력을 경주해 마침내 1945년 12월 8일 본당으로 승격되었습니다.

초대 주임 김창현 신부는 1949년 여름 성당 신축공사를 시작해 1950년 5월 상량식을 거행한 뒤 8월 15일에 봉헌식을 거행할 예정이었으나 한국전쟁으로 뜻을 이루지 못한 상태에서 10월에 후퇴하던 공산군이 불을 지르면서 파괴되고 말았습니다. 이후 1951년 12월에 함평을 방문한 교황 사절단이 개축을 위한 지원을 약속하여 1952년 4월에 개축 공사가 시작되었고, 10월 13일에 헨리 주교의 집전으로 봉헌식이 거행되었습니다.

1983년 4월 서상채 신부는 성전신축추진위원회를 결성한 뒤 10월에 공사를 시작하여 이듬해 8월 21일 윤공희 대주교의 집전으로 새성전 봉헌식을 거행했습니다. 1997년에는 늘어나는 신자들을 수용하기 위해 다시 성당 신축 공사를 시작하여, IMF의 여파로 일시 중단되기도 했지만 2000년 4월 비로소 공사가 완료했습니다. 1952년에 건립된 옛 성당은 근대에서 현대로 옮겨가는 성당 건축 흐름의 변곡점에 건립된 건축물로 현대 성당 건축의 시초로 볼 수 있다는 평가를 받아 2004년 12월 31일 근대문화유산 등록문화재 제117호로 지정되었습니다.