강화도는 섬 전체가 하나의 역사 및 문화 유적입니다. 또한 1866년 병인박해를 야기했던 병인양요의 현장으로 강화대교 서쪽 끝에 있는 갑곶돈대에서부터 박해의 회오리가 일기 시작했습니다. 1866년 병인양요 때 프랑스인 성직자 9명을 처형한 책임을 물어 강화도를 점령하고자 했던 프랑스 함대가 이곳으로 상륙하여 강화성과 문수산성을 점령했습니다. 결국 프랑스 군은 후퇴했으나 이로 인해 강화 지방에서는 혹독한 박해가 시작되었습니다. 갑곶 성지에서 바라보이는 바다 백사장에서 많은 신자들이 이슬로 사라졌고, 또 1871년 신미양요 때는 미국 군함에 다녀왔다는 죄로 처형당한 강화에 살던 신자 우윤집, 최순복, 박상손 등이 갑곶진두에서 순교하였습니다.

문헌상의 갑곶진두의 정확한 위치를 찾은 인천교구는 그 자리를 매입하여 지금의 갑곶 순교성지를 조성하였습니다. 이후 1999년 11월 성지를 새 단장하고 2001년 7월 제대 및 십자가의 길과 성모상 축복식을 거행했습니다. 그 해 9월 20일에는 신미양요 때 순교한 박상손, 우윤집, 최순복 순교자비를 세우고, 순교자들의 행적 증언자이며 인천교구 역사의 증인인 박순집 증거자의 유해 안장식을 가졌습니다. 2005년 4월에는 기존의 낡은 경당을 재단장해서 성당 축복식을 갖고 김대건과 남종삼 성인의 유해 일부를 모셨습니다. 성당 아래에는 넓은 야외 행사장과 묵주기도 길, 쉼터 등을 조성하여 순례자들을 맞이하였습니다. 2011년에는 인천교구 설정 50주년 기념사업의 하나로 갑곶 성지와 연결하여 인천교구 50주년 기념 영성센터 건립을 추진하여 2012년 11월 준공하였습니다. 이로써 100명의 단체 피정이 가능한 숙박 시설과 새 성당, 강당 등이 마련되었습니다.