현석문은 서울 중인 계급의 독실한 교우 집안에서 태어났는데 가족이 모두 순교자가 되었다.

1839년에 회장으로 임명된 현석문은 박해가 끝난 뒤 순교자들의 기록을 정리한 「기해일기」를 펴내었고, 포졸들에게 쫓기면서도 이름을 바꾸어 가며 각지에 흩어진 교우들을 찾아가 격려하였다. 한편 중국 교회에 밀사를 보내고, 1845년에는 김대건 신부와 함께 상해(上海)에 다녀오기도 하였다. 1846년 김대건 신부가 체포된 뒤 김 신부의 집에 남아 있던 여교우들을 새로 마련한 집에 피신시키고 자신도 그 집에 숨어 있다가 7월 11일에 교우들과 함께 체포되었다. 체포된 뒤에도 함께 갇힌 교우들을 위로하고 권면하며 지내다가 마침내 9월 19일 50세의 나이로 새남터에서 군문효수형을 받고 순교하였다.